O Conselho de Administração concentra a principais deliberações em relação à gestão do CH2V. Quando o CH2V estiver em plena operação, vai promover debates sobre os objetivos do centro, para a tomada de decisões, assim como estabelecer diretrizes para um planejamento estratégico.

O Conselho Estratégico, formado por representantes das instituições convidadas e fundadoras do CH2V, é responsável pela avaliação dos resultados e das estratégias adotadas e o Conselho Fiscal deverá fiscalizar os atos dos administradores, de acordo com o estabelecido na legislação brasileira.

O CH2V possui ainda um Núcleo de Gestão, formado por profissionais responsáveis pela gestão e supervisão dos projetos, e um Núcleo Executivo, formado por técnicos e profissionais responsáveis pela execução e implementação dos projetos do Centro.

Este modelo de gestão prevê, entre outras práticas, a realização de reuniões periódicas; estabelecimento de uma hierarquia clara; execução de ações que visem à transparência no acordo entre os envolvidos; institucionalização das normas do CH2V e um sistema de fiscalização e auditoria de suas atividades.